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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
08/08/2019 |
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Data da última atualização: |
08/08/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRÃO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
Luís Felipe V. Ferrão, UFV; Eveline T. Caixeta, Embrapa Cafe; Cosme D. Cruz, UFV; Flávio F. de Souza, Embrapa Rondônia; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Laércio Zambolim, UFV; Ney S. Sakiyama, UFV. |
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Título: |
The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Systematics and Evolution, New York v. 300, p.1649-1661, feb. 2014. |
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DOI: |
10.1007/s00606-014-09903 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. MenosThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the st... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Café canéfora; Café conilon; Codominant markers; Coffee; Diversidade genética; Dominant markers Germplasm; Marcadores dominantes; SSR STRUCTURE. |
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Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador molecular. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/123456789/3664/1/the-effects-enconding-ferrao.pdf
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Marc: |
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650 $aCafé
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
01/03/2016 |
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Data da última atualização: |
07/11/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Publicação em Anais de Congresso |
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Autoria: |
OLIVEIRA, F. S. de.; FEITOZA, L. R.; CORDEIRO, W. L.; CANAL, L.; ROCHA, A. de S.; ANDRADE, A. L. H.; ALMEIDA, R. A. de.; RASLAN, L. S. A.; COSTA, G. F.; RODRIGUES, G. E. |
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Afiliação: |
Fernando Soares de Oliveira, Incaper; Leandro Roberto Feitoza, Incaper; Wantuil Luiz Coordeiro, Incaper; Leandro canal, Incaper; Anderson de Sousa Rocha, Incaper; Alexandre Luiz Honório Andrade, Incaper; Robson Alves de Almeida, Incaper; Lázaro Samir Abrantes Raslan, Incaper; Geraldo Francisco Costa, Incaper; Geraldo Eliandro Rodrigues, Incaper. |
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Título: |
Interface geográfica aplicada na extensão rural. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 17., 2015, João Pessoa. Anais... São José dos Campos: INPE, p. 6491-6496, 2015. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Os Sistemas de Informação Geográfica (SIG) é utilizado por uma diversidade de aplicações. Exemplos de áreas que usam o SIG são agricultura, botânica, economia, sensoriamento remoto, ecologia, geologia e geografia (Miranda, 2005). Nestas áreas
encontramos os especialistas em SIG e os usuários não especialistas. O conhecimento das disciplinas que envolve o SIG faz com que o geo-pesquisador dedique muito tempo para estudá-las (fotogrametria, banco de dados, sensoriamento remoto, GPS, linguagem de programação, entre outras), além de acompanhar as inovações tecnológicas dos equipamento e software utilizados nesta tecnologia. Além disso, geralmente, atuam em áreas que são completamente diferentes da sua área de formação. Não tomando o devido cuidado podem gerar informações geo-espaciais sem nenhum critério científico, ou ainda não serem operacionais. Nos dias atuais, a maioria dos profissionais, mesmo não sendo técnicos de SIG, possui um mínimo de contato com geoprocessamento, seja na utilização de GPS, Globos Virtuais, Simuladores Virtuais entre outros. E, geralmente, constrói bancos de dados para atender suas necessidades sem critérios científicos. Porém, estes profissionais são quem conhecem a
operacionalidade e as técnicas da sua área de atuação. O objetivo deste trabalho é estruturar Interfaces Geográficas utilizando conhecimento de geo-pesquisadores e extensionistas.
The objective of this study was to produce a geographical interface through the knowledge of researchers and extension workers . were produced two interfaces Geographic inserted into platform online of Geobases. Interfaces produced in this way are easier to be worked because it is conceived by the user. MenosOs Sistemas de Informação Geográfica (SIG) é utilizado por uma diversidade de aplicações. Exemplos de áreas que usam o SIG são agricultura, botânica, economia, sensoriamento remoto, ecologia, geologia e geografia (Miranda, 2005). Nestas áreas
encontramos os especialistas em SIG e os usuários não especialistas. O conhecimento das disciplinas que envolve o SIG faz com que o geo-pesquisador dedique muito tempo para estudá-las (fotogrametria, banco de dados, sensoriamento remoto, GPS, linguagem de programação, entre outras), além de acompanhar as inovações tecnológicas dos equipamento e software utilizados nesta tecnologia. Além disso, geralmente, atuam em áreas que são completamente diferentes da sua área de formação. Não tomando o devido cuidado podem gerar informações geo-espaciais sem nenhum critério científico, ou ainda não serem operacionais. Nos dias atuais, a maioria dos profissionais, mesmo não sendo técnicos de SIG, possui um mínimo de contato com geoprocessamento, seja na utilização de GPS, Globos Virtuais, Simuladores Virtuais entre outros. E, geralmente, constrói bancos de dados para atender suas necessidades sem critérios científicos. Porém, estes profissionais são quem conhecem a
operacionalidade e as técnicas da sua área de atuação. O objetivo deste trabalho é estruturar Interfaces Geográficas utilizando conhecimento de geo-pesquisadores e extensionistas.
The objective of this study was to produce a geographical interface through the knowledge of researchers and... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Extensão rural; Geobases; Interface geográfica. |
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Thesaurus NAL: |
Extension; Geobases; Geographic interface. |
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Categoria do assunto: |
Z Localizações Geográficas |
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URL: |
http://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/item/1560/1/BRT-InterfaceGGeograficaaplicadanaExtensao-Rural-incaper.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO, 17., 2015, João Pessoa. Anais... São José dos Campos: INPE, p. 6491-6496$c2015
520 $aOs Sistemas de Informação Geográfica (SIG) é utilizado por uma diversidade de aplicações. Exemplos de áreas que usam o SIG são agricultura, botânica, economia, sensoriamento remoto, ecologia, geologia e geografia (Miranda, 2005). Nestas áreas encontramos os especialistas em SIG e os usuários não especialistas. O conhecimento das disciplinas que envolve o SIG faz com que o geo-pesquisador dedique muito tempo para estudá-las (fotogrametria, banco de dados, sensoriamento remoto, GPS, linguagem de programação, entre outras), além de acompanhar as inovações tecnológicas dos equipamento e software utilizados nesta tecnologia. Além disso, geralmente, atuam em áreas que são completamente diferentes da sua área de formação. Não tomando o devido cuidado podem gerar informações geo-espaciais sem nenhum critério científico, ou ainda não serem operacionais. Nos dias atuais, a maioria dos profissionais, mesmo não sendo técnicos de SIG, possui um mínimo de contato com geoprocessamento, seja na utilização de GPS, Globos Virtuais, Simuladores Virtuais entre outros. E, geralmente, constrói bancos de dados para atender suas necessidades sem critérios científicos. Porém, estes profissionais são quem conhecem a operacionalidade e as técnicas da sua área de atuação. O objetivo deste trabalho é estruturar Interfaces Geográficas utilizando conhecimento de geo-pesquisadores e extensionistas. The objective of this study was to produce a geographical interface through the knowledge of researchers and extension workers . were produced two interfaces Geographic inserted into platform online of Geobases. Interfaces produced in this way are easier to be worked because it is conceived by the user.
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700 1 $aCOSTA, G. F.
700 1 $aRODRIGUES, G. E.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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